Suggestiva la chiesa patronale dedicata a San Giovanni Battista, di antica struttura (XVI sec.) in stile gotico aragonese con la facciata bramantesca. Essa custodisce gelosamente al suo interno un crocefisso settecentesco di buona fattura ed una tavola risalente ai primi del '500. Da visitare inoltre la chiesa di Santa Croce o Santuario della Vergine dei Monti risalente al secolo XIII..
Il monumento più interessante e pregevole non solo per Fonni ma per l'intera zona, è la Basilica della SS. Vergine dei Martiri, eretta a monumento nazionale, annessa al convento, è un complesso
	chiesastico unico in Sardegna con una grande essenzialità di linee, ricca di pregevoli ornamenti e costituita da una cripta assai interessante. All'interno è possibile ammirare una delle pitture murali del ''700 che contribuiscono a determinare una vivacità espressiva di notevole pregio; altri "messaggi" devozionali sono
stati eseguiti con forme di pittura medievale e rinascimentale che si aggiungono agli apporti iconografici barocchi e tardo barocchi. Non meno caratteristiche sono le chiese campestri: N.S. del Monte, situata a sud di Fonni a 1253 m. di altitudine; e San Cristoforo insediata tra i monti di Fonni a 986 m. di altitudine.